真菌性脑膜炎的病程，既有亚急性的一面，又有少数呈现慢性进展。
一、普遍呈现的症状
在疾病早期，身体会出现轻微的发热等感染迹象，随着病情的发展，高烧症状逐渐显现。脑膜刺激征如颈部强直和克氏征阳性也随之出现。颅内压力逐渐升高，表现为头痛、恶心、呕吐以及视神经乳头水肿等症状。到了晚期，头痛加剧，甚至可能出现抽搐、去脑性强直发作和脑疝等严重症状。
二、神经系统特异性症状
真菌性脑膜炎还常常伴随着多颅神经损伤症状。当视神经损伤时，视力可能急剧下降甚至失明。动眼、外展、面部和听神经也可能受到波及，出现相应的神经损伤症状和体征。若病变影响脑实质或脑内肉芽肿形成，可能出现一系列精神症状，如嗜睡、易怒、妄想等，并可能伴随局灶性定位体征瘫痪、智力障碍和意识障碍，严重情况下可陷入昏迷状态。
三、复杂的感染症状
由于患者体质虚弱、营养不良和免疫功能下降，常常伴随着其他菌种的新感染或体内既往潜在菌种的复发。特别值得注意的是，结核病和弓形虫病的并发感染常常使病情更加严重、复杂，并促使临床表现多样化，有时甚至成为患者死亡的重要原因。对于这类患者的治疗，除了针对真菌性脑膜炎的治疗外，还需注意对其他潜在感染的及时诊断和治疗。
真菌性脑膜炎的临床表现多样且复杂，需要临床医生根据患者的具体症状进行准确的诊断和治疗。
